Di origini lucane, vive e lavora a Bari, dov'è stato programmista-regista dal 1979 al 1989. Iscritto all'Ordine dei giornalisti della Puglia, è stato nominato Direttore e successivamente Caporedattore per la sede regionale della RAI. 

L'inizio della sua attività di scrittore risale alla metà degli anni settanta, quando ha pubblicato le risultanze di alcune ricerche condotte nell'ambito dell'etno - antropologia nel volume Tradizioni e canti popolari lucani: il melfese (Bari, 1976) e negli lp U timb jè nnuvl, Bari,Compagnia dell'Arco, 1977 e La serpa lucend, Bari, Compagnia dell'Arco, 1981. Ha condotto nel contempo indagini sulla letteratura lucana e sulla storia culturale del Sud, tra cui Centri intellettuali e poeti nella Basilicata del secondo Cinquecento e Basilicata tra Umanesimo e Barocco (premio Basilicata per la saggistica), oltre a una serie di saggi su Giacomo Cenna, Antonio Persio, Donato Porfido Bruno, Maria Carlucci, Rocco Scotellaro e ad antologie di poeti meridionali della seconda metà del XX secolo. Nel 1975, Nigro e un gruppo di poeti pugliesi, tra cui Daniele Giancane, Alessandro Zaffarano, Francesco Bellino, hanno fondato il movimento Interventi culturali. 

Il 1980 è l'anno del suo esordio come drammaturgo con Il Grassiere, allestito dal teatro Abeliano di Bari. Altre opere drammaturgiche sono: Il santo e il Leone, Hohenstaufen, portate in scena nel 1986 dal gruppo teatrale di Giorgio Albertazzi e Bande, Discarica, Tutti i colori del Novecento. In poesia ha pubblicato Giocodoca, Nulla concede il doganiere e La metafisica come scienza: quest'opera analizza e sperimenta la lingua dei mass-media e la trasformazione della cultura contemporanea. Degli anni novanta sono Falene e Nulla concede il doganiere. Nel 2020 è uscito il volume Gli dei sonno fuggiti, Bari, Progedit.  

In narrativa ha esordito con: A certe ore del giorno e della notte (1986), raccolta di racconti; cui hanno fatto seguito I fuochi del Basento, un romanzo storico che ha vinto i premi Napoli e Super Campiello nel 1987; Il piantatore di lune (1991), Premio Latina per il tascabile, La baronessa dell' Olivento (1990), premi Rhegium Julii e Carlo Levi, Ombre sull'Ofanto (1992), premio Grinzane Cavour, Dio di levante (1994). 

Raffaele Nigro all'edizione 1992 del Premio Chiara, di cui fece parte della prima giuria letteraria.

Nel 1997 ha pubblicato Adriatico, finalista al premio Strega e vincitore del premio Cirò, al quale hanno fatto seguito i saggi Burchiello e burleschi e Francesco Berni entrambi per l Poligrafico dello Stato, nella collezione Cento libri per mille anni, diretta da Walter Pedullà, Nino Borsellino e altri, La Guerra di Sforceschi e di Aragonesi, di G.A. Antodari (Bari, 2003); Memorie e disincanti (Trapani 2008), Novecento a colori. Hanno fatto seguito i romanzi Desdemona e Cola Cola, Giunti,1997, Gli asini volanti, Aragno 1999, Viaggio a Salamanca, Diario Mediterraneo, con cui ha vinto il premio Cesare Pavese, Malvarosa (2005), che si è aggiudicato i premi Mondello, Biella, Flaiano, Selezione Campiello, Maiori. Nel 2006 presso Rizzoli è uscito il saggio Giustiziateli sul campo. Letteratura e banditismo da Robin Hood ai giorni nostri, vincitore dei premi Vinadio e Capitanata, e nel 2009 il romanzo Santa Maria delle battaglie (premio Acqui storia). Del 2010 è Fernanda e gli elefanti bianchi di Hemingway, Premio Nazionale Letterario Pisa. Nel 2011, infine, un suo testo è apparso nell'antologia Meridione d'inchiostro. Racconti inediti di scrittori del Sud (Stilo Editrice). Nel 2012 ha scritto con Cosimo Damiano Damato e Lucio Dalla il musical Il bene mio, andato in scena al Petruzzelli di Bari. Lo stesso music hall è stato poi reinterpretato da Moni Ovadia. Nello stesso anno ha visto la luce il saggio Ascoltate signore e signori. Ballate banditesche del settecento meridionale, pubblicato con la Capone di Lecce. 

I suoi romanzi sono stati tradotti in molte lingue. 

Quella di Nigro può essere considerata una scrittura "sperimentale" e "antropologica". Il suo lavoro è tipico di uno scrittore che si sforza di inventare una nuova tipologia letteraria in rotta di collisione con il convenzionale, in quanto va oltre le formule del realismo e si fonda sull'uso di metafore e di invenzioni proprie del realismo magico. 

Come giornalista, Nigro collabora ai quotidiani Avvenire, Il Mattino, La Gazzetta del Mezzogiorno, Corriere della Sera. Con il poeta Lino Angiuli ha fondato le riviste Fragile, In/Oltre, Incroci. Con Giuseppe Lupo, Mimmo Sammartino e Piero Lacorazza ha fondato la rivista Appennino. 

Tra i suoi libri ricordiamo anche i reportage Viaggio in Albania, edito da Thoena di Tirana, Viaggio in Basilicata, pubblicato da Adda Editore, Diario mediterraneo e Viaggio in Puglia, editi da Laterza; per la sua attività di giornalista e di scrittore gli sono state attribuite numerose cittadinanze onorarie dai comuni di Pomarico - che nel 1992 gli ha conferito anche il Premio Lucania Oro per la Cultura -Adelfia, Aliano, Noci, Rocchetta Sant'Antonio, Toritto, Bitetto, San Vito dei Normanni, Tursi. 

Nel 2004 Nigro ha partecipato al film Darsi alla macchia di Fulvio Wetzl, docudrama che ricostruisce alcuni episodi minori della vita del brigante Carmine Crocco: nel film Nigro ha contestualizzato la personalità del brigante post-unitario, ridimensionandone la negatività. 

Il 7 maggio 2003 l'università di Malta gli ha conferito la laurea honoris causa in Scienza della Comunicazione e il 12 aprile 2005 l'Università degli studi di Foggia gli ha conferito la laurea honoris causa in Lettere e Filosofia. Per il cinema ha sceneggiato Il viaggio della sposa, regia di Sergio Rubini; La luna nel deserto, regia di Cosimo Damiano Damato, film d'animazione liberamente ispirato al romanzo Desdemona e Cola Cola. 

Nel 2010 è candidato come capolista al Consiglio Regionale della Regione Puglia nelle liste di Sinistra Ecologia Libertà che sostengono il presidente uscente Nichi Vendola. Ha recitato, interpretando con autoironia la parte di sé stesso, nella sedicesima puntata de Il Polpo (fiction andata in onda negli anni novanta su Telenorba con Toti e Tata). 

Dall'agosto 2016 Nigro è stato nominato vicesindaco e assessore alla Cultura del comune di Melfi dal sindaco in carica Livio Valvano. Dal 2019 è stato nominato Ambasciatore alla cultura dello stesso comune di Melfi. Ha costituito il Comitato scientifico per il Millenario della fortificazione di Melfi, presieduto dallo storico medievista e accademico dei Lincei, Mons. Prof. Cosimo Damiano Fonseca, già fondatore e primo rettore per 12 anni dall’Università degli Studi della Basilicata insieme a Francesco Panarelli, ordinario di Storia Medievale della stessa Università, Pietro Dalena, prorettore dell'Università della Calabria e Livio Valvano, sindaco di Melfi. Le manifestazioni sono state avviate da Vera von Falkenausen e con il sostegno del Ministero dei Beni Culturali, presieduto da Dario Franceschini, si sono svolte negli anni 2018 - 2021, attraverso tre convegni internazionali sulla presenza di Longobardi, Bizantini, Normanni, Svevi e Angioini. Gli atti sono stati pubblicati dall'editrice Adda di Bari. Il 9 settembre 2021, per le molteplici attività svolte in favore della Comunità, gli è stata conferita la cittadinanza onoraria di Melfi.