Rutigliano, come molti centri meridionali, nasce, in epoca altomedievale, da quel fenomeno chiamato sinecismo, per il quale la popolazione dispersa nelle campagne, o in villaggi insediatisi principalmente lungo le lame, si coagula intorno a siti caratterizzati da una qualche forma di autorità, laica o religiosa. Molti villaggi come Bigetti, Timine, Casilia, Cabiano, Minerva, sono abbandonati per dar vita al "loco Rutiliano". Successivamente i Normanni, con i loro feudatari, daranno vita alla svolta che trasformerà la città da locus a castellum Rutiliani.

Significativa è l'ubicazione degli insediamenti preesistenti: quello peuceta di Azetium (in contrada Castiello) e quello di Bigetti (in contrada Purgatorio) su Lama Giotta e quello di Minerva (contrada Annunziata) su Lama San Giorgio. I due solchi torrentizi Lama San Giorgio e Lama Giotta attraversano parallelamente il territorio in direzione nord-sud e in passato assolvevano al ruolo di vie di comunicazione tra l'entroterra e la costa.

Anche il borgo medievale si colloca, non casualmente, su un sito di altura, lambito da un canale di deflusso secondario denominato "Lama della Corte". Esso si presentava, alla metà dell'XI secolo, avvolto attorno ad una primitiva fortificazione di epoca probabilmente bizantina poi ristrutturata ed ampliata dai Normanni.

Il 24 agosto 1059 il papa Niccolò II emanò una bolla che riconosceva a Rutigliano il particolare status di nullius diocesis, cioè territorio privo di vescovo e soggetto direttamente a Roma. Era infatti l'arciprete della chiesa di Santa Maria della Colonna, nominato direttamente dal Papa, ad esercitare funzioni quasi-vescovili. Tale privilegio fu abrogato solo nel 1662 quando Rutigliano fu sottoposta all'autorità del vescovo di Conversano.

Primo conte di Rutigliano fu il Normanno Ugo Bassavilla (intorno al 1108) che probabilmente fece costruire la torre normanna e ampliò la chiesa di Santa Maria della Colonna, dove è conservata una lapide con lo stemma del casato e l'iscrizione UGO FIL.US ASGOT DINASTA FUNDATUR (Ugo figlio di Asgot fondatore della dinastia)

Nel 1194 subentrarono gli Svevi e in seguito gli Angioini nel 1266. Carlo II d'Angiò nel 1304 donò metà feudo al Real Capitolo di San Nicola di Bari e l'altra metà a Giovanna di Anselmo de Chanbros. Vari feudatari si susseguiranno nei secoli seguenti. Gli Orsini del Balzo, i Filomarino, i d'Azzia, gli Acquaviva, la regina Bona Sforza di Polonia, i Brancaccio, i Pappacoda, i Carafa di Noja e i Lamberti-de Bellis di Bari, fino all'abolizione della feudalità del 1806.